1 сентября 1939 года началась Вторая мировая война оккупацией Германией Западной Польши. 17 сентября 1939 года Красная Армия оккупировала Восточную Польшу, и Дубно вошло в состав СССР.
Во время немецкой оккупации в Дубенском замке дислоцировались венгерские части. На территории хмелярни находился лагерь военнопленных. С 1941 по 1943 там пребывало 3300 человек, многие из которых умерли от болезней, голода, холода. Часть (около 50%) подверглись физическому уничтожению. Там же было расстреляно около полутора сотен уголовников, которых современная украинская пропаганда пытается представить "участниками патриотических и национальных организаций". В 1941 году в местечке было уничтожено более тысячи евреев. С 4 апреля 1942 года в Дубно было создано гетто, а 27 мая 1942 года на окраине города было убито около 3800 евреев. Летом того же года из оставшихся евреев, в городе была создана группа сопротивления. Летом 1942 г. в Дубно был совершен ряд акций по уничтожению евреев, а 24 октября 1942 г. были уничтожены последние заключенные гетто.
На Нюрнбергском процессе главный обвинитель от Великобритании сэр Хартли Шоукросс зачитал свидетельские показания о том, как проходила сравнительно ограниченная массовая экзекуция на Украине. Данные под присягой показания директора и инженера немецкой дочерней строительной фирмы на Украине Германа Грабе повергли в ужас участников судебного заседания 5 октября 1942 года. В украинском городе Дубно он стал свидетелем того, как солдаты команды спецакций при содействии украинских полицаев устроили массовую казнь пяти тысяч евреев около карьера, сбрасывая туда тела расстрелянных.
"... Я и мой мастер, услышав автоматные очереди, доносившиеся из-за насыпи, пошли прямо к угольному карьеру. Доставленные на грузовиках люди - мужчины, женщины и дети всех возрастов сходили с машин и по приказу эсэсовца, державшего в руках плеть, раздевались в указанном месте. Они складывали отдельно обувь, верхнюю одежду и нижнее белье. Я видел груду обуви, состоявшую примерно из 800-1000 пар, огромные кипы одежды и нательного белья.
Я обошел вокруг насыпи и увидел перед собой огромную могилу. Люди плотно лежали друг на друге рядами. Видны были только головы. Почти у всех кровь стекала из головы на плечи. Некоторые еще шевелились. Другие поднимали руки и поворачивали головы, чтобы показать, что они живы. Котлован был заполнен примерно на две трети. По моим подсчетам, в нем находилось около тысячи человек. Я поискал глазами человека, расстреливавшего несчастных. Это был эсэсовец. Он сидел на краю карьера, свесив ноги. Держа на коленях автомат, он покуривал сигарету.
Обнаженные люди делали несколько шагов вниз и пробирались по телам мертвых в то место, куда им указывал эсэсовец. Они ложились на мертвых или раненых. Некоторые с тоской тихими голосами утешали тех, кто еще был жив. Затем я услышал автоматную очередь. Заглянув в котлован, я увидел бившиеся в судорогах тела или уже неподвижные головы, лежавшие на телах нижнего ряда. По шее у них стекала кровь.
И так шли ряд за рядом. На следующее утро немецкий инженер вернулся на место расстрела.
"Я увидел около тридцати обнаженных людей, лежавших у края карьера. Некоторые еще подавали признаки жизни... Позднее живых евреев заставили столкнуть тела мертвых в котлован. Затем приказали лечь там под расстрел... Клянусь всевышним, что все сказанное мной чистая правда".